《侯岐曾日记》详细记录了清政府为惩处侯峒曾抗命守城，下令籍没侯氏家产，同时逼取租赋钱粮的过程。各级官吏因此借端诈索，几至敲骨吸髓，压得侯氏一家喘不过气来。顺治四年(1647)五月，侯岐曾因藏匿陈子龙被杀，更使这个本已残破的家族，遭受了灭顶之灾。
侯岐曾被捕的当日，其长子玄涝（字记原）携堂弟玄瀞（字智含）出逃，幼子玄泓（字研德）被捕。汪琬为玄泓作的《贞宪先生墓志铭》描述了当时的情形：“是时侯氏祸患踵至，死丧狼籍，而官吏且络绎交驰于门，亲知相率惊窜，其它株连钩引者尤众，计莫知所出。”按常理推测，官府的追罚力度，此后应该加大。但令人意外的是，这个案子却被无限期地拖延了下去。
据侯玄汸《月蝉笔露》载：“东第报籍之时估值三千，虽未达部，已做官房，兵丁往来，残破尤甚。累控减价，十年后始定五百有奇。……后抚军援催征不得赦例，檄取部费，县官酷比，输三百有奇，敲骨追髓，三年始毕。故予云又得小籍没也。”所谓“东第”，即其伯父峒曾之所居。按时间推算，此籍费由三千改为五百，应在顺治十四年(1657)以后；完结部费，则当在十七年(1660)前后。籍没田地的过程中，甚至还出现了这样的插曲：“征第宅已，请征坟墓。......（侯氏墓田）隶上海二十三保。吏承牒报籍矣，老仆管科遇于途，醉之，去其籍。，，所以侯氏墓田终得保留。之所以出现这种情况，一个合理的推断是，清政权此时巳彻底稳定，对各类抵抗力量的担心已经开始减轻，故对这些遭受重创的家族亦不再过分追究。
来自官府的压力虽然暂时有所减轻，但乱后社会的变化却超乎我们的想象。一方面，一些新的地方势力借着改朝换代之机迅速崛起，他们不但秉持的价值观与侯氏世守的理学完全不同，而且在经济方面对其伺机掠夺，在影响力上也不断进行挤压。另一方面，普通民众在遭受了残酷的屠戮以后，也希望尽快恢复正常秩序，对侯氏曾经的遭际未必都持同情的态度。因而侯氏一家在付出巨大的牺牲以后，处境反倒有些孤立。汪琬在《贞宪先生墓志铭》中回顾说，玄泓被捕后，“慨然力辨不少动，久，然后得释。而群无藉睥睨侯氏者，犹乘间思挤之。先生惧终不免，乃携家走他县，匿村落中，无恒居，凡三年，而始迁郡城。又三年，而归故里”。其携家逃亡的路线，在长子侯开国的《凤阿山房图咏记》中，有更为详细的记录：“迨丁亥之岁，浮家数百里间，于娄之王园，浙之横山、河渚，松之朱泾、张堰、曹洪，三四年中凡数迁而归于旧庄。后三年迁郡城通和坊，又四年始返邑中。”（《风阿集》）这里提到的地名，娄为太仓的别称；横山在浙江龙游，河渚即杭州西溪；朱泾、张堰、曹洪都在上海，当时属松江府；通和坊在苏州。据此可以体会玄泓为避祸而频繁迁居的不易。顺治十三年(1656)，玄泓移家苏州，王摅有诗赠之云： “十年多难叹飘蓬，吴市移家隐桂丛。不用车中藏季布，将从庑下赁梁鸿。一门忠孝青磷聚，百战城池白骨空。犹有先人敝庐在，练祁南望哭秋风。”（《侯掌亭移居吴门赋赠》）练祁河即练川，代指嘉定。次年，玄泓归嘉定故里（侯开国《书说舟弟仍贻堂私记后》），与长兄玄汸一起开始重建家园。杜登春《吾友诗》之十一《疁城侯研德名泓》云：“侯生婴家难，全身狎豺虎。浮沉又十年，始觐伯与父。”就是对其这段经历的真实写照。
同样在逃亡路上奔走的还有侯玄。汸他在家难初平后，“乃改服，漂泊玉峰、琴水间，屡迁其处。至辛卯，闻智含灵隐之讣，始返邑。余喘未平，复跳身南游两浙。癸巳冬，乃携家卜居城中”。（《月蝉笔露》）玉峰、琴水乃昆山和常熟的别称。辛卯为顺治八年（1651），癸巳为顺治十年。据此可知其大概行踪和归里时间。
在人清后的岁月里，兄弟两人一开始虽都移家避难，归里后隐居不出，但因个性不同，表现亦略异。昆山葛芝在《侯研德文集序》中回顾说，侯氏兄弟重返故里后，“记原高卧海滨，优游卒岁。研德为同人所推挽，捧珠盘、玉敦以从事。南皮之集，北海之宴，必研德在焉，以为无车公不乐也。故二十年来，研德名益著。”（《卧龙山人集》卷八）车公本是晋代囊萤夜读故事的圭人公车胤，以寒素起家，博学多闻，美丰仪，性机敏，善会，当时每有集会，若车胤不在，众人皆会说“无车公不乐”。此以之喻玄泓。
玄泓慷慨好义，尤喜排难解纷。陈瑚《挽侯研德二首》诗序巾说他“美丰仪，善谈论，赋诗属文，落笔敏妙。生平尝以留侯、邺侯自况”（《确庵文稿》卷七下）。留侯为汉代张良，邺侯乃唐代李泌，两人皆足智多谋，功成不居，喜修炼之术。玄泓好神仙，耽养生，也屡见于同时人的记载。陈瑚《简侯记原研德》诗注云：“研德学仙。”计东《追哭侯研德宋畴三》诗“天道劳疑信，神仙竞有无”句注日：“研德好神仙之事。”（《改亭诗文集·诗集》卷三）尤侗《哭侯研德》诗注也说： “研德素学养生之术。”葛芝对此的解释是，玄泓虽然声名日著，但仍“悒悒如不胜，日：‘吾家祖、父笃忠贞，食旧德，如东京杨氏、江左袁氏，盖章章也。后之人则亦耕于宽衍寂寞之滨以老耳，安能与时争上下哉！，故颓然自废，沉湛于性命之学，而以余力放于诗文”。不过，这并不影响他在江南士人群体中的活跃。杜登春《社事始末》载，顺治九年（1652），慎交社二十八人会于苏州，往来联络的即是侯玄泓。“研德忽以他故别去，竟往云间按册联合，尽再党之人，大会于须友堂。”次年，为防止文社的矛盾引发不可预测的后果，吴伟业受钱谦益嘱托，．出面调停慎交社与同声社的关系，从中传达联络者，也是侯玄泓。彭珑在给宋德宜的信中说：“吴门气类，欣逢宗主归而振之，必然改观。况研德兄亲许时过葑上，为慎交招携怀远，务以文德相化，彼纷纷者当从此息。更多精彩内容订阅随笔...
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