办刊宗旨是探索未知、开阔思路、普及科学知识。在内容上以介绍和刊登国内外有关有不明飞行物（UFO）的各类文章、资料和照片以及研究不明飞行物现象为主，兼顾天文、考古、地球史、宇航、生命科学、历史方面的知识，具有探索性和科学普及性的特点，为求科学知识和科学趣味性的统一。 　　

本着争论有益的方针，在探索真理的前提下，为探索未知科学领域的各派学者和爱好者提供平等的论争园地，促进了各派学说的互相争鸣和砥砺，推动科学探索事业的发展，启迪读者以全新的角度和全新的思维去探讨地球人类的文明和科学技术发展，激励青少年朋友立志献身于自然科学研究事业。 　　

自2007年第1期开始，《飞碟探索》杂志启用李政道的题词作为正式刊名。 　　

创刊20余年来，本着严谨的态度吸引了不少读者。目前，《飞碟探索》是全国发行量最大的科普杂志之一，也是全世界发行量最大的UFO杂志。现为月刊发行。 　　

从2009年起，正式改版，全彩印刷。